2025年ECサイト支援補助金の最新事情
2025年は、コロナ禍で拡大したEC需要が引き続き続く中、政府や自治体による各種補助金も再編や新設が進む"転換期"となっています。たとえば、コロナ特別枠が整理され、新たに「新事業進出補助金」など後継制度が検討される一方、小規模事業者や製造業向けの補助金は継続的に公募が行われます。
中でもECサイト構築やオンライン販路開拓に特化して使える補助金が複数存在しており、うまく活用すれば開発費・広告費を2/3～3/4ほど削減できる可能性があります。特に、2025年5月～6月締切の公募や、年間複数回募集される「ものづくり補助金」など、申請時期を逃さないことが重要です。
当サイト「HOJOLAB（ホジョラボ）」では、過去に多数の補助金採択事例を取材しており、ECサイトを活用した販路開拓に成功した中小企業のケースも追跡しています。本記事では、小規模・製造業・飲食業など幅広い業種で活用可能なECサイト関連補助金トップ3を紹介するとともに、それぞれの申請要件・対象経費・公募スケジュールをわかりやすく解説していきます。
1. 事業再構築補助金（ポストコロナの事業転換支援）
1-1. 制度の概要と特徴
事業再構築補助金は、コロナ禍以降の経済構造変化に対応し、「思い切った事業再構築」に取り組む中小企業・中堅企業を支援する補助金です。具体的には、実店舗のみで展開していたビジネスをオンライン販売へ本格的に移行したり、全く異なる市場へ参入する際の設備投資やシステム導入費用、広告宣伝費などをまとめてサポートしてくれます。
専門用語補足:
- 事業再構築：既存事業にとらわれず、大胆に新市場や新分野へ転換すること。単なる新サービスや新商品の追加ではなく、経営戦略レベルでの転換を指す場合が多い。
1-2. 補助対象・要件
- コロナ後の新分野進出や業態転換を図る中小企業・中堅企業が対象
- 申請時には、金融機関や認定支援機関と作成する事業計画書が必須
- 単なるECサイト構築だけでなく、大胆なビジネスモデル変革が求められる
たとえば、実店舗メインの飲食業が宅配・通販に舵を切る場合や、製造業が海外向けECサイトを立ち上げる場合も該当します。ただし、単なる販促費用の追加では審査を通過しにくく、付加価値向上や新市場への進出を伴う計画が重要です。
1-3. 補助率・上限額
- 中小企業: 原則 1/2（要件を満たすと2/3）
- 中堅企業: 原則 1/3（要件を満たすと1/2）
上限額は中小企業で最大6,000万円、中堅企業では最大1.5億円（大幅賃上げ実施時）。他の補助金と比較して大規模投資を支援するため、数千万円規模のECサイト構築も視野に入ります。ただし、こちらは採択ハードルも高いという点に留意しましょう。
1-4. 主な対象経費
- 設備投資費（機械装置費・建物改修費など）
- ITシステム開発費（ECサイト構築費、物流システム、在庫管理システム 等）
- 広告宣伝費・販促費（新サービス告知、広報、オンライン広告 等）
- 研修費や人材育成費（新分野進出に必要なスキル習得）
EC関連では、サイト構築のソフトウェア開発費やデザイン費、海外市場を狙う場合の多言語対応コストなどが含まれるケースが多いです。
1-5. 公募スケジュールと移行
2024～2025年にかけて複数回公募されましたが、第13回公募（～2025年3月）をもって終了し、以降は後継として「新事業進出補助金」が公募される見込みです。後継制度でも年数回の募集が想定されているため、大規模な事業転換を検討している場合は要チェックです。
1-6. 事業再構築補助金が向いている事業者
- 資金需要が大きい中堅・中小企業
- 業種転換や新市場開拓を本格的に目指す企業
- 海外向けも含めた大規模EC展開を検討している場合
採択後の実施計画には厳格な進捗管理が求められ、実施完了後3～5年間の付加価値向上目標を設定する必要があります。そのため、金融機関や専門家の協力が必要不可欠です。
2. 小規模事業者持続化補助金（販路開拓支援の定番）
2-1. 制度の概要と特徴
小規模事業者持続化補助金は、全国の小規模事業者（従業員数が上限20名または5名の業種もあり）を対象に、販路開拓や業務効率化の取り組みを支援する代表的な補助金です。歴史も長く、毎年複数回公募されるため、初めて補助金を利用する事業者にも比較的ハードルが低い制度といえます。
専門用語補足:
- 小規模事業者：たとえば、商業・サービス業（宿泊業・娯楽業除く）なら従業員5名以下、製造業は従業員20名以下など。個人事業主も対象となる。
2-2. 補助対象・要件
- 常時使用する従業員数が5名または20名以下（業種により異なる）
- 販路開拓や業務効率化につながる取り組み
- 経営計画書の策定が必須（商工会議所や認定支援機関から助言を得られる）
単なる広告出稿のみでもOKですが、計画性が重視されるため「自社の新商品・サービスをどのようにPRして売上を伸ばすのか」を整理しておくことが大切です。
2-3. 補助率・上限額
- 補助率: 原則2/3（赤字&賃上げ事業者は3/4）
- 補助上限額: 通常枠50万円、特例に該当すれば最大250万円
具体的には、賃上げ要件やインボイス対応要件、複数事業者連携などの特別枠を満たすと加算され、上限が拡大します。少額からでも使いやすく、自己負担1/3～1/4程度でECサイト構築や広告宣伝に挑戦できます。
2-4. 主な対象経費
- ウェブサイト関連費（ECサイト制作、ネットショップの外注費 等）
- 広報費・広告費（チラシ・パンフ印刷、SNS広告、動画制作）
- 機械装置等費（PCやカメラ、梱包資材、決済システム等）
- 開発費（新商品サンプル制作費、デザイン費 等）
- 展示会出展費（ブース料、装飾費 等）
ECサイト構築費用はウェブサイト関連費に該当し、さらにプロモーションのための広告出稿費やチラシ作成費も補助対象になり得ます。ただし、ウェブサイト関連費のみでの申請はNGとされる傾向があるため、チラシや機器購入など複数の経費を組み合わせた計画を作ることが大切です。
2-5. 公募スケジュール
毎年2～3回程度の公募があり、たとえば2025年度第17回については5月中旬締切が予定されています。詳細は商工会・商工会議所ごとに異なる場合もあるため、必ず地元の商工会等の窓口で確認しましょう。
2-6. 小規模事業者持続化補助金が向いている事業者
- 地方の小規模飲食店や小売店が初めてEC化を狙うケース
- 個人事業主が自社商品をネットショップで販売
- まずは少額の自己負担で気軽に販路開拓を始めたい方
商工会議所などが無料で書類作成サポートしてくれるケースも多いので、初心者でもトライしやすいのがメリットです。一方、上限額は最大250万円（通常枠50万円が基本）と比較的小規模なので、大きな投資には不向きという点は注意しましょう。
3. ものづくり補助金（デジタル・グローバル対応型の生産性向上支援）
3-1. 制度の概要と特徴
「ものづくり補助金」は、製造業のみならずITサービス業、その他の中小企業も活用可能な生産性向上を目的とした補助金です。名称から「工場の設備投資用？」と思われがちですが、新サービス開発やIT導入を含むプロジェクトも広く支援対象になります。
専門用語補足:
- 生産性向上：単位労働あたりの付加価値を高めること。人件費削減だけでなく、売上や付加価値を伸ばす取り組みも含む。
3-2. 補助対象・要件
- 中小企業であれば業種は問わず（製造業・小売業・IT関連など）
- 新製品・新サービス開発や業務プロセス革新が必須要件
- 「DX」や「IoT導入」など先端技術活用に積極的なプロジェクトを優先採択
ECサイト構築のみを目的とした申請は厳しい面がありますが、自社システムとECを連携した革新的なプロセスを確立するなど、付加価値の向上に直結する計画であれば十分に支援対象となります。
3-3. 補助率・上限額
- 補助率: 中小企業1/2、小規模事業者等2/3
- 上限額: 従業員規模ごとに750万～2,500万円（最大4,000万円まで特例加算あり）
- グローバル枠: 一律3,000万円（海外展開を視野に入れる場合）
この補助金は基本的に設備投資が必須経費となるため、ECサイト構築のIT開発費も「システム構築費」として計上できます。さらに、海外向け販路開拓の場合は翻訳費や海外マーケティング費用まで補助対象になり得るのが特長です。
3-4. 主な対象経費
- 機械装置費（設備、ハードウェア導入）
- システム構築費（ソフトウェア開発、ECプラットフォーム整備、ERP連携 等）
- 技術導入費（専門家謝金、コンサル費 等）
- 外注費・原材料費（試作に必要な加工費、部品購入費 等）
- 特許関連費（知的財産取得費）
- 広告宣伝費・販売促進費（海外展開・グローバル枠の場合）
ECサイト関連では、独自の決済システム・在庫管理システム開発費などが典型的な補助対象です。単に既製品のパッケージECサービスを導入するだけでは審査上厳しいため、自社独自のDX化・システム連携など工夫が求められます。
3-5. 公募スケジュール
おおむね年3～4回程度公募されており、例として第19次公募が2024年11月下旬に締切予定、続く第20次公募が2025年に実施予定です。申請から採択結果まで2～3か月かかり、交付決定後の事業実施期間は10か月程度が一般的です。余裕をもって計画しましょう。
3-6. ものづくり補助金が向いている事業者
- 製造業や技術系サービス業でEC導入を含むDX投資を行うケース
- 海外向けECサイトを構築し、グローバル販路拡大を図りたい企業
- IT導入補助金では対象外となるような大掛かりな独自システム開発を目指す場合
小規模事業者でも、しっかりと新しい付加価値を創出する計画を立てれば採択される例があります。投資規模が比較的大きいので、専門家（中小企業診断士やITコンサル）と協力して事業計画を作り込むことをおすすめします。
4. 主要3補助金の比較表
以下の表にまとめたように、「事業再構築補助金」「小規模事業者持続化補助金」「ものづくり補助金」にはそれぞれ補助率・上限額・対象経費・公募時期に大きな違いがあります。自社の事業規模と投資ニーズに合わせて選択しましょう。
| 補助金制度 （2025年度） | 補助率 | 補助上限額 | 主な対象経費 | 公募スケジュール |
|---|---|---|---|---|
| 事業再構築補助金 （中小企業庁） | 中小企業: 1/2（要件満たせば2/3）、中堅企業: 1/3（要件満たせば1/2） | 中小企業: 最大6,000万円中堅企業: 最大1.5億円 （大幅賃上げ実施時） | 建物費、設備費、ITシステム開発、研修費、広告宣伝費、販売促進費等 （新事業計画に必要な経費を包括的に補助） | 年内複数回（～第13回で終了）※2025年度以降は新制度へ移行予定 |
| 小規模事業者持続化補助金 （中小企業庁・全国商工会連合会等） | 2/3（赤字&賃上げ実施なら3/4） | 50万円（通常枠）～最大250万円（特例要件で加算） | 機械装置等費、広報費、ウェブサイト関連費、チラシ・広告費、展示会出展費 等 （ECサイト制作にも幅広く対応） | 年複数回募集（春・夏・秋など）※第17回締切：2025年5月～6月頃 |
| ものづくり補助金 （経産省） | 中小企業: 1/2小規模事業者: 2/3 | 通常枠: 750万～2,500万円（従業員規模で上限変動、最大4,000万円）グローバル枠: 3,000万円 | 機械装置費、システム構築費、外注費、クラウド利用費、海外広告宣伝費（グローバル枠） 等 （ECサイト開発も可） | 年3～4回公募例：第19次締切2024年11月、第20次以降が2025年実施 |
注意: 補助金同士を同一事業の同一経費で重複受給することは不可。もし複数の補助金に並行応募し、重複採択された場合はどちらかを辞退する必要があります。
5. 利用シーン別：どの補助金を選ぶべき？
5-1. 地方の小規模飲食店がEC初挑戦
おすすめ：小規模事業者持続化補助金
- 店舗売上だけでなく、地方特産品などをオンライン通販で販売したい場合
- ECサイト制作やSNS広告費、チラシ印刷費など少額の販促が中心
- 商工会議所のアドバイスを受けながら書類作成し、採択率も比較的高い
5-2. 中小メーカーが越境ECで海外進出
おすすめ：ものづくり補助金（グローバル枠）
- 多言語対応のECサイト構築や海外向け広告宣伝費までサポート
- 最大3,000万円の補助上限があるため、本格的な国際展開を狙える
- 生産管理～受注管理まで含めたシステム連携に適した大型補助金
5-3. 既存事業からオンライン転換を図る企業
おすすめ：事業再構築補助金（または後継の「新事業進出補助金」）
- 飲食チェーンが宅食事業を立ち上げる、旅行業がバーチャルツアー販売にシフトするなど、業態転換を伴う大規模投資
- 数千万円規模の補助も狙えるが、審査や事業計画書の完成度が厳格
- 付加価値向上や雇用維持・賃上げなど、高いハードルをクリアする必要がある
6. 申請・スケジュールの基本的な流れ
補助金の種類によって多少の違いはありますが、一般的な申請から受給までのフローは共通点が多いので、以下に整理します。
- 事前準備
- 公募要領の確認
- 事業計画書のドラフト作成
- 見積書・経費明細の用意
- GビズID取得（電子申請の場合）など
- 公募期間内に申請
- 書類を整え、電子申請または紙申請（事業再構築は電子申請が基本）
- 不備があれば差し戻しが来るため、余裕を持ったスケジュールで提出
- 審査・採択発表
- 審査期間は1～3か月程度
- 採択されると「交付決定通知」が届く
- 事業実施・支出
- 交付決定後に契約や支払いを行う（事前着手不可の補助金が多い）
- 事業計画どおりにECサイト構築、設備導入、広告出稿などを進める
- 実績報告・確定検査
- すべての経費支出が完了後、領収書・請求書等をまとめて報告書提出
- 必要に応じて現地調査や追加書類提出を求められる
- 補助金の受領
- 問題なく審査を通過すれば、補助金額が支払われる
- アフターフォロー（賃上げ実施確認など）を求められる場合もある
この流れをしっかり把握し、交付決定前に勝手に発注してしまうなどのミスを避けましょう。
7. 補助金申請で押さえるべきポイント
7-1. 事業計画書の重要性
補助金審査では、提出書類の事業計画書の説得力が最も重視されます。特にECサイト関連の場合は「なぜオンライン化が必要か」「どのように売上を伸ばすか」などを数字や市場分析を交えて具体的に示しましょう。商工会議所や中小企業診断士の力を借りると、計画の完成度が上がります。
7-2. 経費区分の正確な仕分け
ECサイト構築費はウェブサイト関連費なのかシステム構築費なのか、PCやカメラ購入費は機械装置等費なのかなど、補助金ごとに定義が異なります。誤った費目で申請すると不採択や減額の原因になるため、公募要領を熟読して正確に仕分けしてください。
7-3. 申請期限に注意
2025年は補助金制度の再編時期でもあるため、募集回数や締切がいつもと異なる可能性があります。特に事業再構築補助金は新制度への移行が予定されているため、最新情報をこまめに確認しましょう。
7-4. 誇張表現・虚偽申請の厳禁
売上見込みや事業計画が過度に楽観的・虚偽と見なされれば審査で落とされます。補助金は公的支援なので、誤魔化しはリスクが大きいです。必ず客観的なデータや根拠を提示し、堅実な計画書を作成しましょう。
8. よくある質問（FAQ）
Q1. ECサイト構築に複数の補助金を同時活用できますか？
A. 同一の事業計画・同一経費に対して、複数の補助金を重複して受給することは原則NGです。ただし、異なる経費項目であれば、要件を満たす限り別の補助金を利用できる場合もあります。例えば「ECサイト構築費」は小規模事業者持続化補助金で、「海外展示会出展費」はものづくり補助金（グローバル枠）で、など計画的に仕分けるケースもなくはありませんが、審査上は難易度が高くなります。
Q2. 小規模事業者持続化補助金とIT導入補助金はどちらが良いですか？
A. どちらもECやIT関連投資に使えますが、IT導入補助金はクラウドサービス導入や特定ITツール購入に特化しており、上限や要件が異なります。ECサイト構築の場合は小規模事業者持続化補助金のほうが広い経費（チラシ、広告費なども含む）をカバーできるため、まずは持続化補助金を検討する事業者が多いです。逆に会計ソフトや予約システムなど、登録ITツールを導入する際はIT導入補助金が適しています。
Q3. 初めて補助金を申請するので書類作成が不安です。サポートはありますか？
A. 商工会・商工会議所では経営指導員や補助金相談窓口があり、無料または低額で申請書類をチェックしてもらえます。また、中小企業診断士や行政書士など専門家に有償で依頼する手段もあります。補助金申請は書類量が多いため、初心者ほど専門家のサポートを受けるほうがスムーズです。
Q4. 実際にどのくらいの確率で採択されるのでしょうか？
A. 公募回や枠組みによって差がありますが、小規模事業者持続化補助金の通常枠では採択率50～70%とも言われています。一方、事業再構築補助金やものづくり補助金は申請内容や枠により競争が激しく採択率30～50%前後と推測されます。要件や書類の完成度によって大きく上下するため、一概には言えません。
9. まとめ
2025年度は、ECサイト関連の補助金が再編期を迎える一方で、多くの中小企業・個人事業主にとっては大きなチャンスの年でもあります。「事業再構築補助金」「小規模事業者持続化補助金」「ものづくり補助金」の3制度は、小規模店舗のネット通販から大規模な海外展開まで広くカバーしており、上限額や要件に大きな違いがあります。
- 小規模事業者持続化補助金：少額～中規模のEC開設や販促に◎
- ものづくり補助金：独自性あるシステム開発や越境ECなど本格投資に◎
- 事業再構築補助金：大胆な業態転換・新市場進出で大型投資を狙う場合に◎
2025年公募のチェックポイント
- 募集回数や締切が例年と変更になっていないか
- 賃上げ実施やインボイス対応など加点・特例要件で上限額を引き上げられるか
- 公募要領や公式Q&Aをくまなく確認し、適切に経費を仕分けしているか
- 計画書の完成度を高めるため、商工会議所・専門家の力を借りるか検討する
当サイト「HOJOLAB（ホジョラボ）」は、補助金・助成金の最新情報やAI導入支援などに関する記事を多数配信しています。実際の申請には公募要領の熟読とともに、ぜひ専門家や支援機関を活用してください。補助金を賢く使えば、ECサイト構築費や広告費の2/3～3/4がまかなえる可能性もあります。2025年はオンライン事業を加速させる絶好のチャンスです。ぜひ検討してみてください！
